《猎魔武士》讲述故事发生在2030年的日本。一种病毒正在全世界范围内蔓延。病毒感染者会突变成怪物，而且根据年竹葉青龄、性别、种族的▓不同，会变化出不同形态。因为变化形态的∑　多种多样，这种病毒被称为「Gibia」（像野生鸟△兽富有多样性）。然而，在日本这片废土之上，一对武士与忍者突然出现了。他们二人从江户时代的早期穿越【而来，在研究病毒治疗方法的他臉上也露出了凝重之色博士的帮助下，共同展开在這種時候行动。面对着接踵袭来的Gibia，抢夺路人食粮的亡命之徒，以及各种敌人的围攻之下，杀机重重、生死攸关的冒险之旅开始神劫了。